wavClusteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.wavClusteR

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅wavClusteR。

敏感和高度解决识别PAR-CLIP rna蛋白质交互网站的数据

Bioconductor版本:3.8

包提供了一个集成管道PAR-CLIP数据的分析。PAR-CLIP-induced转换首先从测序错误,歧视SNPs和额外的非实验来源的非参数混合模型。蛋白质结合位点(集群)然后解决在高分辨率和集群使用严格的统计估计贝叶斯框架。后处理的结果,数据导出UCSC基因组浏览器可视化和主题搜索分析。此外,该计划允许集成RNA-Seq数据估计集群的错误发现率检测。关键功能支持并行多核计算。注意:虽然PAR-CLIP wavClusteR设计数据分析,它可以被应用到其他门店数据分析中得到了实验过程,从而诱导核苷酸替换(例如BisSeq)。

作者:费德里科•斯文Comoglio和杰姆

维护人员:费德里科•Comoglio < federico.comoglio gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“wavClusteR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“wavClusteR”)

HTML	R脚本	wavClusteR:工作流PAR-CLIP数据分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,ImmunoOncology,RIPSeq,RNASeq,测序,软件,技术
版本	2.16.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2),GenomicRanges(> = 1.31.8),Rsamtools
进口	方法,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),Biostrings(> = 2.47.6),foreach,GenomicFeatures(> = 1.31.3),ggplot2,Hmisc,mclust,rtracklayer(> = 1.39.7),seqinr,stringr,wmtsa
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了	doMC
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	wavClusteR_2.16.1.tar.gz
Windows二进制	wavClusteR_2.16.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	wavClusteR_2.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/wavClusteR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ wavClusteR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/wavClusteR/
包下载报告	下载数据