这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见火神.
Bioconductor版本:3.8
Vulcan (VirtUaL ChIP-Seq Analysis through Networks)是一个程序包,可以询问基因调控网络,从而推断出来自ChIP-Seq数据的差异结合签名中显著富集的辅因子。为了做到这一点,我们的包结合了来自不同BioConductor包的策略:DESeq用于数据规范化,ChIPpeakAnno和DiffBind用于注释和定义ChIP-Seq基因组峰,csaw用于定义最佳峰宽,viper用于在差分绑定签名上应用调控网络。
作者:Federico M. Giorgi, Andrew N. Holding, Florian Markowetz
维护者:Federico M. Giorgi < Federico。Giorgi在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“火神”)
):
要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("vulcan")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“火神”)
R脚本 | Vulcan:网络虚拟芯片序列分析 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ChIPSeq,GeneExpression,NetworkEnrichment,软件,SystemsBiology |
版本 | 1.4.0 |
在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(1.5年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R (>= 3.4),ChIPpeakAnno,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,动物园,GenomicRanges,S4Vectors,毒蛇,DiffBind,locfit |
进口 | wordcloud,csaw,gplots,统计,utils,caTools、图形、DESeq,Biobase |
链接 | |
建议 | vulcandata |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | vulcan_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | vulcan_1.4.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | vulcan_1.4.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vulcan |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/vulcan |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/vulcan/ |
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