tximport

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximport

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见tximport．

导入并总结转录水平估计，用于转录水平和基因水平分析

Bioconductor版本:3.8

导入转录水平丰度，估计计数和转录长度，并总结为矩阵用于下游基因水平分析包。经样本特异性转录丰度估计加权的平均转录长度作为一个矩阵，可用于不同基因水平计数表达的偏移量。

作者:Michael Love [cre,aut]， Charlotte Soneson [aut]， Mark Robinson [aut]， Rob Patro [ctb]， Andrew Parker Morgan [ctb]， Ryan C. Thompson [ctb]， Matt Shirley [ctb]

维护者:Michael Love

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("tximport")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tximport”)

超文本标记语言	R脚本	使用tximport导入转录丰度数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，软件，转录
版本	1.10.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	跑龙套,统计数据
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，tximportData，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，readr(> = 0.2.2),limma，刨边机，DESeq2(> = 1.11.6),rhdf5，jsonlite，matrixStats
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	IsoformSwitchAnalyzeR，tximeta
建议我	DESeq2，嘘，SummarizedBenchmark，variancePartition
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	tximport_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	tximport_1.10.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	tximport_1.10.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximport
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tximport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tximport/
软件包下载报告	下载数据