暮

doi：10.18129/b9.bioc.twilight

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅暮。

估计本地错误发现率

生物导体版本：3.8

在在两个条件下观察到的基因表达数据的典型微阵列设置中，局部假发现率描述了两个条件之间在两个条件之间差异表达基因的概率，鉴于其CorrResponding观察到的得分或P值水平。P值与局部错误发现率的最终曲线为清晰差异和清晰的非分辨率基因表达之间的暮光区提供了深入的了解。软件包“暮光”包含两个主要功能：函数twilight.pval对给定输入矩阵或表达式集的均值差异进行了两条条件测试，并计算基于置换的p值。功能暮光执行随机下坡搜索，以估计局部错误的发现率和效果大小分布。该软件包进一步提供了过滤的方法，以正确描述正确描述空分布的排列。使用过滤的排列，可以减少隐藏混杂因素的影响。

作者：Stefanie Scheid

维护者：stefanie scheid

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ twilight”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“暮光”）

PDF	R脚本	估计当地错误发现率
PDF		参考手册

细节

生物浏览	差异性，，，，微阵列，，，，多重组合，，，，软件
版本	1.58.0
在生物导体中	Bioc 1.6（R-2.1）或更早（> 14年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 2.10），花键（> = 2.2.0），stats（> = 2.2.0），生物酶（> = 1.12.0）
进口	生物酶，图形，grdevices，统计
链接
建议	golubeset（> = 1.4.2），VSN（> = 1.7.2）
系统要求
增强
URL	http://compdiag.molgen.mpg.de/software/twilight.shtml
取决于我	OrderedList
进口我	OrderedList
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Twilight_1.58.0.tar.gz
Windows二进制	twilight_1.58.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Twilight_1.58.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/twilight
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/暮光
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/twilight/
软件包下载报告	下载统计