topgo
doi：10.18129/b9.bioc.topgo
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅topgo。
基因本体论的富集分析
生物导体版本：3.8
Topgo软件包提供了用于测试GO术语的工具，同时考虑GO图的拓扑结构。可以实施和应用不同的测试统计数据和不同的方法来消除GO术语之间的局部相似性和依赖性。
作者：Adrian Alexa，Jorg Rahnenfuhrer
维护者：gmail.com上的Adrian Alexa
引用（从r内，输入引用（“ Topgo”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ topgo”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Topgo”）
| R脚本 | topgo | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 微阵列，，，，软件，，，，可视化 |
| 版本 | 2.34.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.0（R-2.5）（12年） |
| 执照 | LGPL |
| 要看 | R（> = 2.10.0），方法，生物基因（> = 0.13.6），图形（> = 1.14.0），生物酶（> = 2.0.0），go.db（> = 2.3.0），AnnotationDbi（> = 1.7.19），Sparsem（> = 0.73） |
| 进口 | 格子，，，，矩阵，，，，DBI |
| 链接 | |
| 建议 | 全部，，，，HGU95AV2.DB，，，，HGU133A.DB，，，，GeneFilter，，，，Xtable，，，，多检验，，，，rgraphviz，，，，全球测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | BGEEDB，，，，CCTORIAL，，，，Celltree，，，，Compepitools，，，，Egsea，，，，理想的，，，，Maendtoend，，，，RCAS，，，，rnaither，，，，翻译 |
| 进口我 | 细胞，，，，富集兄弟，，，，foldgo，，，，戈西姆，，，，omadb，，，，PCAEXPLORER，，，，psygenet2r，，，，Sepa，，，，转录图 |
| 建议我 | fgnet，，，，Intramirexplorer，，，，mirnatap，，，，林戈 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | topgo_2.34.0.tar.gz |
| Windows二进制 | topgo_2.34.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | topgo_2.34.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topgo |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/topgo |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/topgo/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
