topgo

doi:10.18129/b9.bioc.topgo

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅topgo

基因本体论的富集分析

生物导体版本:3.8

Topgo软件包提供了用于测试GO术语的工具,同时考虑GO图的拓扑结构。可以实施和应用不同的测试统计数据和不同的方法来消除GO术语之间的局部相似性和依赖性。

作者:Adrian Alexa,Jorg Rahnenfuhrer

维护者:gmail.com上的Adrian Alexa

引用(从r内,输入引用(“ Topgo”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ topgo”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Topgo”)

PDF R脚本 topgo
PDF 参考手册

细节

生物浏览 微阵列,,,,软件,,,,可视化
版本 2.34.0
在生物导体中 Bioc 2.0(R-2.5)(12年)
执照 LGPL
要看 R(> = 2.10.0),方法,生物基因(> = 0.13.6),图形(> = 1.14.0),生物酶(> = 2.0.0),go.db(> = 2.3.0),AnnotationDbi(> = 1.7.19),Sparsem(> = 0.73)
进口 格子,,,,矩阵,,,,DBI
链接
建议 全部,,,,HGU95AV2.DB,,,,HGU133A.DB,,,,GeneFilter,,,,Xtable,,,,多检验,,,,rgraphviz,,,,全球测试
系统要求
增强
URL
取决于我 BGEEDB,,,,CCTORIAL,,,,Celltree,,,,Compepitools,,,,Egsea,,,,理想的,,,,Maendtoend,,,,RCAS,,,,rnaither,,,,翻译
进口我 细胞,,,,富集兄弟,,,,foldgo,,,,戈西姆,,,,omadb,,,,PCAEXPLORER,,,,psygenet2r,,,,Sepa,,,,转录图
建议我 fgnet,,,,Intramirexplorer,,,,mirnatap,,,,林戈
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 topgo_2.34.0.tar.gz
Windows二进制 topgo_2.34.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) topgo_2.34.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topgo
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/topgo
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/topgo/
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