tRanslatome

DOI:10.18129 / B9.bioc.tRanslatome

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见tRanslatome．

多水平基因表达的比较

Bioconductor版本:3.8

通过两种生物条件(治疗vs.未治疗，患病vs.正常，突变vs.野生型)在不同基因表达水平(转录组，翻译组，蛋白质组)之间的比较，检测差异表达基因(DEGs)，使用几种统计方法:秩乘积，翻译效率，t检验，Limma, ANOTA, DESeq, edgeR。可以用散点图、直方图、MA图、标准差(SD)图、变异系数(CV)图绘制结果。检测显著富集的转录后调节因子(RBPs, miRNAs等)和基因本体术语在先前确定的两个表达水平的DEGs列表中。比较GO术语只富集其中一个层次或同时富集两个层次。计算来自两个表达层的丰富GO术语列表之间的语义相似度。用热图、雷达图和倒钩图目测和比较丰富的术语。

作者:Toma Tebaldi, Erik Dassi, Galena Kostoska

维护者:Toma Tebaldi < Tebaldi at science.unitn。它>，埃里克·达西<埃里克。达西在单位，它>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tRanslatome”)

PDF	R脚本	tRanslatome
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学，CellBiology，DifferentialExpression，去，GeneExpression，GeneRegulation，HighThroughputSequencing，微阵列，MultipleComparisons，质量控制，监管，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 2.15.0)，方法，limma，sigPathway，anota，DESeq，刨边机，RankProd，topGO，org.Hs.eg.db，GOSemSim，Heatplus，gplots，plotrix，Biobase
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	tRanslatome_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	tRanslatome_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	tRanslatome_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tRanslatome
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tRanslatome
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tRanslatome/
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