tRanslatome

DOI:10.18129 / B9.bioc.tRanslatome

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见tRanslatome

多水平基因表达的比较

Bioconductor版本:3.8

通过两种生物条件(治疗vs.未治疗,患病vs.正常,突变vs.野生型)在不同基因表达水平(转录组,翻译组,蛋白质组)之间的比较,检测差异表达基因(DEGs),使用几种统计方法:秩乘积,翻译效率,t检验,Limma, ANOTA, DESeq, edgeR。可以用散点图、直方图、MA图、标准差(SD)图、变异系数(CV)图绘制结果。检测显著富集的转录后调节因子(RBPs, miRNAs等)和基因本体术语在先前确定的两个表达水平的DEGs列表中。比较GO术语只富集其中一个层次或同时富集两个层次。计算来自两个表达层的丰富GO术语列表之间的语义相似度。用热图、雷达图和倒钩图目测和比较丰富的术语。

作者:Toma Tebaldi, Erik Dassi, Galena Kostoska

维护者:Toma Tebaldi < Tebaldi at science.unitn。它>,埃里克·达西<埃里克。达西在单位,它>

引文(从R内,输入引用(“tRanslatome”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“tRanslatome”)

PDF R脚本 tRanslatome
PDF 参考手册

细节

biocViews 生物信息学CellBiologyDifferentialExpressionGeneExpressionGeneRegulationHighThroughputSequencing微阵列MultipleComparisons质量控制监管软件
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(5.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R(>= 2.15.0),方法,limmasigPathwayanotaDESeq刨边机RankProdtopGOorg.Hs.eg.dbGOSemSimHeatplusgplotsplotrixBiobase
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 tRanslatome_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 tRanslatome_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) tRanslatome_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tRanslatome
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tRanslatome
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/tRanslatome/
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