seqsetvis

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqsetvis

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见seqsetvis．

为下一代测序数据设置基于可视化

Bioconductor版本:3.8

Seqsetvis能够可视化和分析多个基因组数据集。虽然seqsetvis是为比较多个ChIP-seq数据集而设计的，但这个包是域不确定的，并且允许处理多个基因组坐标文件(床样文件)和信号文件(bigwig文件或bam pileups)。

作者:Joseph R Boyd [aut, cre]

维护者:Joseph R Boyd

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“seqsetvis”)

超文本标记语言	R脚本	概述和用例
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeq，测序，软件，可视化
版本	1.2.1 "
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(一年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.5)，ggplot2
进口	data.table，eulerr，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicRanges， grDevices，网格，IRanges，limma、方法、png，RColorBrewer，Rsamtools，rtracklayer，S4Vectors,统计数据
链接
建议	BiocFileCache，BiocManager，BiocStyle，ChIPpeakAnno，covr，cowplot，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	seqsetvis_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	seqsetvis_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	seqsetvis_1.2.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqsetvis
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/seqsetvis
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqsetvis/
软件包下载报告	下载数据