segmentSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.segmentSeq

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅segmentSeq

方法从高通量测序数据识别小RNA基因座

Bioconductor版本:3.8

高通量测序技术允许生产大量的短序列,可以对齐到基因组创建一组匹配的基因组。通过寻找的基因组区域密度较高的匹配,我们可以推断出一个细分的基因组生物学意义的地区。这个包中的方法允许从多个样本同时分割数据,考虑到复制数据,以创建一个共识分割。这有明显的应用程序的类测序实验,特别是在发现小RNA基因座和小说mRNA转录组的发现。

作者:Thomas j . Hardcastle

维护人员:托马斯·Hardcastle < tjh48在cam.ac.uk >

从内部引用(R,回车引用(“segmentSeq”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“segmentSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“segmentSeq”)

PDF R脚本 segmentSeq:小RNA轨迹检测
PDF R脚本 segmentsSeq:甲基化位点识别
PDF 参考手册

细节

biocViews 对齐,DataImport,DifferentialExpression,MultipleComparison,质量控制,测序,软件
版本 2.16.0
Bioconductor自 BioC 2.6 (r - 2.11)(9年)
许可证 GPL-3
取决于 R(> = 3.0.0)、方法baySeq(> = 2.9.0),S4Vectors平行,GenomicRanges,ShortRead,统计数据
进口 Rsamtools,IRanges,GenomeInfoDb、图形grDevices跑龙套,abind
链接
建议 BiocStyle,BiocGenerics
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 segmentSeq_2.16.0.tar.gz
Windows二进制 segmentSeq_2.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) segmentSeq_2.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/segmentSeq
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ segmentSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/segmentSeq/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网