scmeth

DOI:10.18129 / B9.bioc.scmeth

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见scmeth．

对甲基化数据进行质量控制分析

Bioconductor版本:3.8

可以在这里找到分析甲基化数据的函数。一些函数与单细胞甲基化数据相关，但大多数其他函数可用于任何甲基化数据。该工作流程的重点是全面的质量控制报告。

作者:Divy Kangeyan

维护者:Divy Kangeyan

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scmeth")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scmeth”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，ImmunoOncology，预处理，质量控制，SingleCell，软件
版本	1.2.2
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(一年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	knitr，rmarkdown，bsseq，AnnotationHub，GenomicRanges，reshape2，统计，utils，BSgenome，DelayedArray(> = 0.5.15),annotatr，SummarizedExperiment(> = 1.5.6),GenomeInfoDb，Biostrings，DT，HDF5Array(> = 1.7.5)
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，org.Hs.eg.db，Biobase，BiocGenerics，ggplot2，ggthemes
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/aryeelab/scmeth/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scmeth_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	scmeth_1.2.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	scmeth_1.2.2.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmeth
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scmeth
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scmeth/
软件包下载报告	下载数据