rtracklayer
DOI:
10.18129 / B9.bioc.rtracklayer
这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rtracklayer。
R接口基因组注释文件和UCSC基因组浏览器
Bioconductor版本:3.8
可扩展的框架与多个基因组浏览器进行交互(目前UCSC的内置)和操纵注释跟踪以各种格式(目前人造石铺地面,床、bedGraph BED15,假发,权贵和2位内置)。用户可以导出/导入跟踪与支持的浏览器,以及查询和修改浏览器状态,如当前视口。
作者:迈克尔·劳伦斯,文斯凯里,罗伯特先生
维护人员:迈克尔·劳伦斯< michafla gene.com >
从内部引用(R,回车引用(“rtracklayer”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rtracklayer”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“rtracklayer”)
细节
| biocViews |
注释,DataImport,软件,可视化 |
| 版本 |
1.42.2 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.2 (r - 2.7)(11年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 +文件许可 |
| 取决于 |
R(> = 3.3),方法,GenomicRanges(> = 1.31.8) |
| 进口 |
XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.19.22),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),Biostrings(> = 2.47.6),zlibbioc,RCurl(> = 1.4 - 2),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6)工具 |
| 链接 |
S4Vectors,IRanges,XVector |
| 建议 |
BSgenome(> = 1.33.4),humanStemCell,微(> = 1.1.1),genefilter,limma,org.Hs.eg.db,hgu133plus2.db,GenomicFeatures,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
BSgenome,CAGEfightR,ChIPComp,chipseqDB,ChIPSeqSpike,CoverageView,腰带,EatonEtAlChIPseq,ExCluster,exomePeak,geneXtendeR,GenomicFiles,groHMM,吉他,HelloRanges,IdeoViz,igvR,liftOver,LoomExperiment,MethylSeekR,r3Cseq,RIPSeeker,测序 |
| 进口我 |
AnnotationHubData,annotatr,ATACseqQC,舞会礼服,BiSeq,分歧点,BSgenome,篮球选手,卡斯珀,CexoR,ChIPanalyser,chipenrich,chipenrich.data,ChIPseeker,ChromHeatMap,chromswitch,cn,彗星,CompGO,consensusSeekeR,contiBAIT,conumee,customProDB,位深蓝,derfinder,DEScan2,diffHic,diffloop,DMCHMM,dmrseq,埃尔默,ensembldb,erma,esATAC,FourCSeq,FunciSNP,FunciSNP.data,genbankr,geneAttribution,geneLenDataBase,GeneStructureTools,genomation,GenomicFeatures,GenomicInteractions,genotypeeval,ggbio,GGtools,gmapR,哥特,gQTLBase,GreyListChIP,Gviz,gwascat,hiAnnotator,HiTC,HTSeqGenie,icetea,InTAD,IsoformSwitchAnalyzeR,karyoploteR,MACPET,MADSEQ,微波激射器,MEDIPS,metagene,methyAnalysis,methylKit,motifbreakR,MotifDb,MTseeker,NADfinder,normr,OMICsPCA,ORFik,Pbase,PGA,plyranges,primirTSS,proBAMr,PureCN,qsea,QuasR,美国广播公司,重新计票,recountWorkflow,收回,地区,Repitools,RGMQL,RiboProfiling,RNAprobR,咆哮,scPipe,颈背,seqplots,seqsetvis,sevenC,SGSeq,soGGi,srnadiff,SVM2CRM,TFBSTools,trackViewer,transcriptR,tRNAscanImport,TSRchitect,VariantAnnotation,VariantTools,wavClusteR,wiggleplotr |
| 建议我 |
高山,AnnotationHub,BiocFileCache,biovizBase,bsseq,ChIPpeakAnno,西塞罗,CINdex,compEpiTools,CrispRVariants,dsQTL,epivizrChart,epivizrData,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,geneXtendeR,GenomicAlignments,GenomicRanges,GeuvadisTranscriptExpr,goseq,InPAS,interactiveDisplay,metaseqR,methylumi,miRBaseConverter,MotIV,MTseekerData,MutationalPatterns,NarrowPeaks,OrganismDbi,PasillaTranscriptExpr,图片,平,pqsfinder,R453Plus1Toolbox,林格,rMAT,RnBeads,RSVSim,签名者,similaRpeak,三层,tRNAdbImport,TSSi,TVTB |
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