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DOI:10.18129 / B9.bioc.recoup

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅收回。

R包创建复杂的基因组概要情节

Bioconductor版本:3.8

补偿计算和情节概要文件创建的短序列信号读取来自下一代测序技术。提供的资料是sumarized曲线资料或者热图概要文件。目前,收回支持基因组配置文件块读取来自ChIP-Seq和RNA-Seq实验。包使用ggplot2和ComplexHeatmap图形曲线和设施的热图分别覆盖配置文件。

作者:Panagiotis Moulos < Moulos在fleming.gr >

维护人员:Panagiotis Moulos < Moulos在fleming.gr >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“收回”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“收回”)

HTML	R脚本	介绍了补偿方案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,报道,GeneExpression,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(3年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 2.13.0),GenomicRanges,GenomicAlignments,ggplot2,ComplexHeatmap
进口	BiocGenerics,biomaRt,circlize、图形grDevices、方法rtracklayer,plyr统计,跑龙套
链接
建议	网格,GenomeInfoDb,Rsamtools,BiocStyle,knitr,rmarkdown,动物园,RUnit,BiocManager,BSgenome,RSQLite,RMySQL
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/pmoulos/recoup
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	recoup_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	recoup_1.10.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	recoup_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recoup
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/收回
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/recoup/
包下载报告	下载数据