rcellminer

DOI:10.18129 / B9.bioc.rcellminer

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rcellminer。

rcellminer:分子资料和药物反应NCI-60细胞系

Bioconductor版本:3.8

NCI-60癌症细胞系面板已经使用在过去的几十年里作为抗癌药物的屏幕。这个小组开发作为发展治疗计划的一部分(DTP, http://dtp.nci.nih.gov/)的美国国家癌症研究所(NCI)。NCI-60数以千计的化合物已经被测试,已广泛的许多基因和蛋白质表达平台,拷贝数,突变,和其他人(莱因霍尔德,et al ., 2012)。CellMiner项目的目的(http://discover.nci.nih.gov/ CellMiner)集成来自多个平台的数据用于分析NCI-60和提供一个强大的工具来探索NCI-60套件的数据。

作者:奥古斯汀卢娜,Vinodh拉贾帕克萨法苏萨

维修工:奥古斯汀Luna < lunaa cbio.mskcc.org >, < Vinodh Vinodh拉贾帕克萨。拉贾帕克萨在nih.gov >, < Fathi Fathi Elloumi。在nih.gov elloumi >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rcellminer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	使用rcellminer
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细节

biocViews	CellBasedAssays,Cheminformatics,CopyNumberVariation,GeneExpression,遗传药理学,药物基因组学,软件,SystemsBiology,可视化,aCGH,microrna的
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(4年)
许可证	LGPL-3 +文件许可
取决于	R (> = 3.2),Biobase,rcdk,指纹,rcellminerData
进口	stringr,gplots,ggplot2、方法、统计跑龙套,闪亮的
链接
建议	knitr,RColorBrewer,sqldf,BiocGenerics,testthat,BiocStyle,jsonlite,d3heatmap,glmnet,foreach,doSNOW、并行
SystemRequirements
增强了
URL	http://discover.nci.nih.gov/cellminer/
取决于我
进口我
建议我	rcellminerData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rcellminer_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	rcellminer_2.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	rcellminer_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcellminer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rcellminer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rcellminer/
包下载报告	下载数据