rmat

doi:10.18129/b9.bioc.rmat

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅rmat

从MAT程序进行正常化和分析平铺阵列和芯片芯片数据的R实现。

生物导体版本:3.8

该软件包是包装垫的R版本,包含解析和合并Affymetrix bpmap和Cel瓷砖阵列文件(使用基于C ++的Fusion SDK和BioConductor软件包AFFXPARSER),使用序列特定模型从chip- chip- andect-flocect-芯片实验。注意:用户应安装GSL和GenomeGraphs。Windows用户:“请查阅源分布的Inst目录中可用的REDME文件,以获取必要的配置指令。Snow Leopard用户可以通过Grand Central Dispatch利用速度提高!

作者:Charles Cheung和Arnaud Droit和Raphael Gottardo

维护者:Arnaud droit 和raphael Gottardo >

引用(从r内,输入引用(“ rmat”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ rmat”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ rmat”)

PDF R脚本 RMAT用户指南
PDF 参考手册

细节

生物浏览 微阵列,,,,预处理,,,,软件
版本 3.32.0
在生物导体中 Bioc 2.4(R-2.9)(10年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.9.0),生物基因(> = 0.1.3),iranges(> = 1.13.10),生物酶(> = 2.15.1),affxparser
进口 统计,方法,生物基因,,,,iranges,,,,生物酶,,,,affxparser,Stats4
链接
建议 基因组,,,,rtracklayer
系统要求 GSL(GNU科学库)
增强
URL http://www.rglab.org
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 rmat_3.32.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(El Capitan) rmat_3.32.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rmat
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rmat
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rmat/
软件包下载报告 下载统计

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