rGADEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.rGADEM

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rGADEM。

新创主题发现

Bioconductor版本:3.8

rGADEM是一种有效的新创主题发现大规模基因组序列数据的工具。它是一个开源R包,它是基于GADEM软件。

作者:Arnaud所有权,拉斐尔Gottardo戈登·罗伯逊和莱普

维护人员:Arnaud所有权< Arnaud。所有权在crchuq.ulaval.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rGADEM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rGADEM”)

PDF	R脚本	rGADEM用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,ChIPchip,微阵列,MotifDiscovery,测序,软件
版本	2.30.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.11.0),Biostrings,IRanges,BSgenome、方法、seqLogo
进口	Biostrings,IRanges、方法、图形seqLogo
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	MotIV,TCGAWorkflow
建议我	universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rGADEM_2.30.0.tar.gz
Windows二进制	rGADEM_2.30.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	rGADEM_2.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rGADEM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rGADEM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rGADEM/
包下载报告	下载数据