rGADEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.rGADEM

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rGADEM

新创主题发现

Bioconductor版本:3.8

rGADEM是一种有效的新创主题发现大规模基因组序列数据的工具。它是一个开源R包,它是基于GADEM软件。

作者:Arnaud所有权,拉斐尔Gottardo戈登·罗伯逊和莱普

维护人员:Arnaud所有权< Arnaud。所有权在crchuq.ulaval.ca >

从内部引用(R,回车引用(“rGADEM”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rGADEM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rGADEM”)

PDF R脚本 rGADEM用户指南
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq,ChIPchip,微阵列,MotifDiscovery,测序,软件
版本 2.30.0
Bioconductor自 BioC 2.6 (r - 2.11)(9年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 2.11.0),Biostrings,IRanges,BSgenome、方法、seqLogo
进口 Biostrings,IRanges、方法、图形seqLogo
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我 MotIV,TCGAWorkflow
建议我 universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 rGADEM_2.30.0.tar.gz
Windows二进制 rGADEM_2.30.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) rGADEM_2.30.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rGADEM
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rGADEM
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rGADEM/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网