pqsfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.pqsfinder

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pqsfinder

识别潜在的四重的形成序列

Bioconductor版本:3.8

这个包的主要功能是检测DNA序列模式可能会折叠成一个分子内G-quadruplex (G4)。与其他方法不同,这个包能够检测序列负责从完美G-runs G4s折叠包含凸起或不匹配,因此比竞争更敏感的算法。

作者:雅罗西克宝贝梅Lexa和托马斯Martinek

维修工:雅罗西克鸿<忌日。亲爱的:gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“pqsfinder”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pqsfinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pqsfinder”)

HTML R脚本 pqsfinder:用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneRegulation,MotifDiscovery,SequenceMatching,软件
版本 1.10.1
Bioconductor自 BioC 3.3 (r - 3.3)(3年)
许可证 BSD_2_clause +文件许可
取决于 Biostrings
进口 Rcpp(> = 0.12.3),GenomicRanges,IRanges,S4Vectors、方法
链接 Rcpp,黑洞(> = 1.66.0)
建议 BiocStyle,knitr,Gviz,rtracklayer,ggplot2,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,testthat,stringr
SystemRequirements GNU, c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 pqsfinder_1.10.1.tar.gz
Windows二进制 pqsfinder_1.10.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) pqsfinder_1.10.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pqsfinder
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pqsfinder
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/pqsfinder/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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