podkat

DOI:10.18129 / B9.bioc.podkat

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见podkat

位置相关核关联检验

Bioconductor版本:3.8

这个包提供了一个关联测试,能够处理非常罕见甚至私有的变体。这是通过基于内核的方法来完成的,该方法将变量的位置考虑在内。该测试可用于预处理矩阵数据,也可直接用于VCF文件中存储的变量数据。关联检测可以进行全基因组,全外显子组,或限制在预定义的感兴趣的区域。测试由分析和可视化结果的工具补充。

作者:Ulrich Bodenhofer

维护者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioinf.jku.at>

引文(从R内,输入引用(“podkat”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("podkat")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“podkat”)

PDF R脚本 PODKAT -一个R包,用于涉及稀有和私有变体的关联测试
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释DataImport遗传学测序软件VariantAnnotationWholeGenome
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(4年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R(>= 3.2.0),方法,RsamtoolsGenomicRanges
进口 Rcpp(>= 0.11.1),并行,统计,图形,grDevices, utils,BiobaseBiocGenerics矩阵GenomeInfoDbIRangesBiostringsBSgenome(> = 1.32.0)
链接 RcppRsamtools
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.maskedTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGeneBSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.maskedGWASTools(> = 1.13.24),VariantAnnotationSummarizedExperimentknitr
SystemRequirements
增强了
URL http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/https://github.com/UBod/podkat
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 podkat_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 podkat_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) podkat_1.14.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/podkat
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/podkat
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/podkat/
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