phantasus

DOI:10.18129 / B9.bioc.phantasus

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见phantasus

可视化和交互式基因表达分析

Bioconductor版本:3.8

Phantasus是一个可视化和交互式基因表达分析的网络应用程序。Phantasus基于基于网络的热图可视化和分析软件Morpheus,该软件通过OpenCPU API与R环境集成。除了基本的可视化和过滤方法外,还支持基于r的方法,如k-means聚类,主成分分析或带有limma包的差分表达式分析。

作者:Daria Zenkova [aut], Vladislav Kamenev [aut], Rita Sablina [ctb], Maxim Artyomov [aut], Alexey Sergushichev [aut, cre]

维护人员:Alexey Sergushichev

引文(从R内,输入引用(“phantasus”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("phantasus")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“phantasus”)

超文本标记语言 R脚本 开发新工具
超文本标记语言 R脚本 使用phantasus应用程序
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 聚类DataRepresentationDifferentialExpressionGUIGeneExpressionImmunoOncology微阵列归一化PrincipalComponentRNASeq软件转录组可视化
版本 1.2.1 "
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(一年)
许可证 MIT +文件许可
取决于 R (>= 3.5)
进口 ggplot2protoliteBiobaseGEOqueryhtmltoolshttpuvjsonlitelimmaopencpu为了、方法、httrrhdf5, utils,并行,stringrfgseasvglitegtable统计数据,矩阵Matrix.utilspheatmap尺度ccaPP, grid, grDevices
链接
建议 testthatBiocStyleknitrrmarkdowndata.table
SystemRequirements
增强了
URL https://genome.ifmo.ru/phantasushttps://artyomovlab.wustl.edu/phantasus
BugReports https://github.com/ctlab/phantasus/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 phantasus_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 phantasus_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) phantasus_1.2.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phantasus
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/phantasus
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/phantasus/
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