omicRexposome

DOI:10.18129 / B9.bioc.omicRexposome

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见omicRexposome．

暴露组和组学数据关联和集成分析

Bioconductor版本:3.8

omicRexposome将暴露数据和omic数据之间的关联评估系统化，利用MultiDataSet进行协调数据管理，利用rexposome进行暴露数据定义，利用limma进行关联测试。还可以使用多重共本分析(omicade4)和多典型相关分析(PMA)进行数据集成，混合暴露数据和组态数据。

作者:Carles Hernandez-Ferrer [aut, cre]， Juan R. González [aut]

维护者:Carles Hernandez-Ferrer < Carles。Hernandez在isglobal.org>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("omicRexposome")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“omicRexposome”)

超文本标记语言	R脚本	与Omic数据集成的暴露数据
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，DifferentialMethylation，表观遗传学，GeneExpression，GeneRegulation，ImmunoOncology，MultipleComparison，蛋白质组学，回归，软件，StatisticalMethod，转录组，可视化，WorkflowStep
版本	1.4.1
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.4)，Biobase
进口	统计，utils, grDevices，图形，方法，rexposome，limma，股东价值分析，ggplot2，ggrepel，PMA，omicade4，gridExtra，MultiDataSet，SmartSVA，isva平行,SummarizedExperiment，stringr
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，snpStats，brgedata
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	omicRexposome_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	omicRexposome_1.4.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	omicRexposome_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/omicRexposome
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/omicRexposome
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/omicRexposome/
软件包下载报告	下载数据