omicRexposome

DOI:10.18129 / B9.bioc.omicRexposome

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见omicRexposome

暴露组和组学数据关联和集成分析

Bioconductor版本:3.8

omicRexposome将暴露数据和omic数据之间的关联评估系统化,利用MultiDataSet进行协调数据管理,利用rexposome进行暴露数据定义,利用limma进行关联测试。还可以使用多重共本分析(omicade4)和多典型相关分析(PMA)进行数据集成,混合暴露数据和组态数据。

作者:Carles Hernandez-Ferrer [aut, cre], Juan R. González [aut]

维护者:Carles Hernandez-Ferrer < Carles。Hernandez在isglobal.org>

引文(从R内,输入引用(“omicRexposome”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("omicRexposome")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“omicRexposome”)

超文本标记语言 R脚本 与Omic数据集成的暴露数据
PDF 参考手册
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpressionDifferentialMethylation表观遗传学GeneExpressionGeneRegulationImmunoOncologyMultipleComparison蛋白质组学回归软件StatisticalMethod转录组可视化WorkflowStep
版本 1.4.1
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(1.5年)
许可证 MIT +文件许可
取决于 R (>= 3.4),Biobase
进口 统计,utils, grDevices,图形,方法,rexposomelimma股东价值分析ggplot2ggrepelPMAomicade4gridExtraMultiDataSetSmartSVAisva平行,SummarizedExperimentstringr
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdownsnpStatsbrgedata
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 omicRexposome_1.4.1.tar.gz
Windows二进制 omicRexposome_1.4.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) omicRexposome_1.4.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/omicRexposome
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/omicRexposome
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/omicRexposome/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网