NORMR

doi:10.18129/b9.bioc.normr

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅NORMR

chip-seq数据中的归一化和差异

生物导体版本:3.8

CHIP-seq和Chip-selike数据的强大归一化和差异调用程序。读数与用户指定数量的组件共同建模为二项式混合模型。合适的背景估算了某些地区富集的影响,因此代表了一个适当的零假设。这种健壮的背景用于识别显着丰富或耗尽的区域。

作者:Johannes Helmuth [AUT,CRE],Ho-Ryun Chung [aut]

维护者:Johannes Helmuth 的Helmuth>

引用(从r内,输入引用(“ normr”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ normr”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ normr”)

html R脚本 Normr包装简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,贝叶斯,,,,chipseq,,,,分类,,,,DataImport,,,,差异词,,,,功能基因组学,,,,遗传学,,,,多重组合,,,,正常化,,,,峰值探测,,,,预处理,,,,Ripseq,,,,软件
版本 1.8.0
在生物导体中 Bioc 3.4(R-3.3)(2。5年)
执照 GPL-2
要看 r(> = 3.3.0)
进口 方法,统计,utils,grdevices,并行,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,iranges,,,,RCPP(> = 0.11),QVALUE(> = 2.2),bamsignals(> = 1.4),rtracklayer(> = 1.32)
链接 RCPP
建议 生物使用,,,,测试(> = 1.0),尼特,,,,rmarkDown
系统要求 C ++ 11
增强 生物比较
URL https://github.com/your-highness/normr
BugReports https://github.com/your-highness/normr/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

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源包 normr_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 NORMR_1.8.0.ZIP
Mac OS X 10.11(El Capitan) normr_1.8.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/normr
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/normr
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/normr/
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