NEM
doi：10.18129/b9.bioc.nem
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅NEM。
（动态）嵌套效应模型和确定性效应传播网络，以重建表型层次结构
生物导体版本：3.8
软件包“ NEM”允许从扰动效应的嵌套结构中重建路径的特征。它作为输入（1.）一组受干扰的途径成分，以及（2.）这些扰动的表型读数（例如基因表达，蛋白质表达）。输出是代表表型层次结构的有向图。
作者：Holger Froehlich，Florian Markowetz，Achim Tresch，Theresa Niederberger，Christian Bender，Matthias Maneck，Claudio Lottaz，Tim Beissbarth
维护者：holger froehlich
引用（从r内，输入引用（“ NEM”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ nem”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Nem”）
| Markowetz-assis-2006.pdf | ||
| R脚本 | 嵌套效应模型 - 果蝇免疫反应的一个例子 | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 生物信息学，，，，GraphSandNetworks，，，，微阵列，，，，网络引导，，，，途径，，，，软件，，，，系统生物学 |
| 版本 | 2.56.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 1.9（R-2.4）（12。5年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | R（> = 3.0） |
| 进口 | 引导，，，，E1071，，，，图形，图形，grdevices，方法，rbgl（> = 1.8.1），rcolorbrewer，统计，utils，rgraphviz，，，，Statmod，，，，plotrix，，，，林玛 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物酶（> = 1.10） |
| 系统要求 | |
| 增强 | DOMC，，，，雪， 平行 |
| URL | //www.anjoumacpherson.com |
| 取决于我 | lpnet |
| 进口我 | Birte，，，，Epinem，，，，Oncosimulr |
| 建议我 | rbiopaxparser |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | nem_2.56.0.tar.gz |
| Windows二进制 | nem_2.56.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | nem_2.56.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nem |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/nem |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/nem/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
