mzR

DOI:10.18129 / B9.bioc.mzR

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见mzR．

解析器用于netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件(质谱数据)

Bioconductor版本:3.8

mzR为质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它附带了ISB随机访问解析器的包装，用于质谱mzXML, mzData和mzML文件。这个包包含ISB编写的原始代码，以及用于mzML和mzIdentML的proteowizard库的一个子集。netCDF读取代码以前在XCMS中使用过。

作者:Bernd Fischer, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou, Johannes Rainer

维护者:Steffen Neumann ， Laurent Gatto ， Qiang Kou

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("mzR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“mzR”)

超文本标记语言	R脚本	获取原始质谱分析和鉴定数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，基础设施，MassSpectrometry，代谢组学，蛋白质组学，软件
版本	2.16.2
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rcpp(>= 0.10.1)，方法，utils
进口	Biobase，BiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics(> = 1.9.1),ncdf4
链接	Rcpp，zlibbioc，Rhdf5lib(> = 1.1.4)
建议	msdata(> = 0.15.1),RUnit，mzID，BiocStyle(> = 2.5.19),knitr，XML
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL	https://github.com/sneumann/mzR/
BugReports	https://github.com/sneumann/mzR/issues/
全靠我	MSGFgui，MSnbase，蛋白质组学
进口我	MSnID，msPurity，Pbase，ProteomicsAnnotationHubData，RMassBank，SIMAT，topdownr，xcms，山药
建议我	AnnotationHub，msdata，qcmetrics，RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	mzR_2.16.2.tar.gz
Windows二进制	mzR_2.16.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	mzR_2.16.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mzR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mzR/
软件包下载报告	下载数据