单片眼镜

DOI:10.18129 / B9.bioc.monocle

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅单片眼镜。

集群、微分表达式,为单身——细胞RNA-Seq和轨迹分析

Bioconductor版本:3.8

Monocle执行微分表达式和时序分析单细胞表达实验。这订单的单个细胞根据进展通过生物过程,提前不知道哪些基因通过这一过程定义的进步。单片眼镜还执行微分表达式分析、集群、可视化、单细胞表达数据和其他有用的任务。设计与RNA-Seq和qPCR数据,也可以与其他类型。

作者:科尔杰尔

维护人员:科尔杰尔< coletrap uw.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“单片眼镜”)

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文档

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browseVignettes(“单片眼镜”)

PDF	R脚本	单片眼镜:细胞计数、微分表达式和轨迹分析单细胞RNA-Seq实验
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,DataRepresentation,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,基础设施,MultipleComparison,质量控制,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	2.10.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10.0)、方法矩阵(> = 1.2 6),Biobase,ggplot2(> = 1.0.0),VGAM(> = 1.0 6),DDRTree(> = 0.1.4)
进口	平行,igraph(> = 1.0.1),BiocGenerics,HSMMSingleCell(> = 0.101.5),plyr,集群,combinat,fastICA、网格irlba(> = 2.0.0),matrixStats,densityClust(> = 0.3),Rtsne,质量,reshape2,limma,宠物猫,dplyr,qlcMatrix,pheatmap,stringr,代理,大满贯,冬青统计数据,biocViews,RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0)
链接	Rcpp
建议	命运,Hmisc,knitr,修拉,嘘,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	西塞罗
进口我	的作用
建议我	condcomp,嘘,食物,sincell
我的链接
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包档案

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源包	monocle_2.10.1.tar.gz
Windows二进制	monocle_2.10.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	monocle_2.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/monocle
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/单片眼镜
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/monocle/
包下载报告	下载数据