methylPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylPipe

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylPipe

基本解决DNA甲基化数据分析

Bioconductor版本:3.8

内存效率分析的基础解决DNA甲基化数据在中央人民政府和non-CpG序列上下文。DNA甲基化数据来自任何方法的集成提供基础——或低分辨率的数据。

作者:卡马尔•基

维护人员:Kamal基肖尔<卡马尔。在gmail.com fartiyal84 >

从内部引用(R,回车引用(“methylPipe”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methylPipe”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“methylPipe”)

PDF R脚本 methylPipe.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 报道,DNAMethylation,MethylSeq,测序,软件
版本 1.16.0
Bioconductor自 BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R(> = 3.2.0)、方法grDevices,图形、属性、跑龙套,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rsamtools
进口 marray,gplots,IRanges,BiocGenerics,Gviz,GenomicAlignments,Biostrings平行,data.table,GenomeInfoDb,S4Vectors
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,knitr,MethylSeekR
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 ListerEtAlBSseq
进口我 compEpiTools
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 methylPipe_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 methylPipe_1.16.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) methylPipe_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylPipe
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylPipe
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/methylPipe/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网