methylPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylPipe

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylPipe。

基本解决DNA甲基化数据分析

Bioconductor版本:3.8

内存效率分析的基础解决DNA甲基化数据在中央人民政府和non-CpG序列上下文。DNA甲基化数据来自任何方法的集成提供基础——或低分辨率的数据。

作者:卡马尔•基

维护人员:Kamal基肖尔<卡马尔。在gmail.com fartiyal84 >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methylPipe”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“methylPipe”)

PDF	R脚本	methylPipe.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DNAMethylation,MethylSeq,测序,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.2.0)、方法grDevices,图形、属性、跑龙套,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rsamtools
进口	marray,gplots,IRanges,BiocGenerics,Gviz,GenomicAlignments,Biostrings平行,data.table,GenomeInfoDb,S4Vectors
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,knitr,MethylSeekR
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ListerEtAlBSseq
进口我	compEpiTools
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylPipe_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	methylPipe_1.16.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	methylPipe_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylPipe
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylPipe
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylPipe/
包下载报告	下载数据