metagenomeFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeFeatures

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅metagenomeFeatures。

探索标志基因序列分类注释

Bioconductor版本:3.8

metagenomeFeatures开发用于探索标志基因的分类注释宏基因组序列数据集。包可以用来探索标志基因的分类组成数据库或注释从标志基因序列metagenome实验。

作者:内森·d·奥尔森,约瑟夫·保尔森纳撒尼尔·赫克托耳Corrada布拉沃

维护人员:内森·d·奥尔森在umiacs.umd.edu < nolson >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“metagenomeFeatures”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“metagenomeFeatures”)

HTML	R脚本	metagenomeFeatures类和方法。
HTML	R脚本	探索序列和系统发育多样性感兴趣的分类组。
HTML	R脚本	使用metagenomeFeatures检索特性数据。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,ImmunoOncology,基础设施,宏基因组,微生物组,测序,软件
版本	2.2.3
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),Biobase(> = 2.17.8)
进口	Biostrings(> = 2.36.4),S4Vectors(> = 0.14.7),dplyr(> = 0.7.0),dbplyr(> = 1.0.0),stringr(> = 1.0.0),lazyeval(> = 0.1.10),RSQLite(> = 1.0.0),magrittr(> = 1.5)、方法(> = 3.3.1),晶格(> = 0.20.33),猿(> = 3.5),解读(> =测试盒框)
链接
建议	knitr(> = 1.11),testthat(> = 0.10.0),rmarkdown(> = 1.3),devtools(> = 1.13.5),ggtree(> = 1.8.2),BiocStyle(> = 2.8.2),phyloseq(> = 1.24.2),forcats(> = 0.3.0),ggplot2(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures
BugReports	https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures/issues
取决于我
进口我	greengenes13.5MgDb,ribosomaldatabaseproject11.5MgDb,silva128.1MgDb
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	metagenomeFeatures_2.2.3.tar.gz
Windows二进制	metagenomeFeatures_2.2.3.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	metagenomeFeatures_2.2.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeFeatures
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metagenomeFeatures
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeFeatures/
包下载报告	下载数据