马提尼

DOI:10.18129 / B9.bioc.martini

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见马提尼．

GWAS合并网络

Bioconductor版本:3.8

martini通过将先验知识表示为网络来处理GWAS研究固有的低功率。snp是网络的顶点，边缘代表它们之间的生物学关系(基因组邻接，属于同一基因，蛋白质产物之间的物理相互作用)。使用scone扫描该网络，寻找与表型最大程度相关的snp组，形成一个紧密的子网络。

作者:Hector Climente-Gonzalez [aut, cre]， Chloe-Agathe Azencott [aut]

维护者:Hector Climente-Gonzalez < Hector。curie.fr>的气候

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("martini")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“马提尼”)

超文本标记语言	R脚本	运行烤饼
超文本标记语言	R脚本	模拟基于scone的表型
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	FeatureExtraction，GeneticVariability，遗传学，GenomeWideAssociation，GraphAndNetwork，网络，单核苷酸多态性，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(一年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.5)
进口	igraph(> = 1.0.1),矩阵，方法(>= 3.3.2)，Rcpp(> = 0.12.8),snpStats(> = 1.20.0),S4Vectors(>= 0.12.2)， stats, utils
链接	Rgin，Rcpp，RcppEigen(> = 0.3.3.3.0)
建议	biomaRt(> = 2.34.1),httr(> = 1.2.1),IRanges(> = 2.8.2),knitr，testthat，tidyverse，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	martini_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	martini_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	martini_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/martini
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/martini
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/martini/
软件包下载报告	下载数据