mCSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.mCSEA

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅mCSEA。

甲基化组论文认定富集分析

Bioconductor版本:3.8

识别diferentially甲基化区域(dmr)预定义区域(启动子、CpG群岛…)使用Illumina公司从人类基因组的450 k或史诗微阵列数据。提供的方法排列CpG探测器基于线性模型,包括绘图功能。

作者:乔迪Martorell-Marugan和佩德罗Carmona-Saez

维护人员:乔迪Martorell-Marugan < jmartorellm gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“mCSEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“mCSEA”)

PDF	R脚本	预定义的dmr认同mCSEA包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,遗传学,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,MethylationArray,微阵列,MultipleComparison,软件,TwoChannel
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5),mCSEAdata,Homo.sapiens
进口	fgsea,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggplot2、图形、grDevicesGviz,IRanges,limma平行,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	Biobase,BiocGenerics,BiocStyle,FlowSorted.Blood.450k,knitr,leukemiasEset,minfi,minfiData,rmarkdown,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mCSEA_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	mCSEA_1.2.2.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	mCSEA_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mCSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mCSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mCSEA/
包下载报告	下载数据