光民

DOI:10.18129 / B9.bioc.lumi

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅光民。

BeadArray Illumina公司甲基化和微阵列表达的具体方法

Bioconductor版本:3.8

光民包提供了一个集成解决方案的Illumina公司微阵列数据分析。它包括功能Illumina公司BeadStudio (GenomeStudio)数据输入,质量控制,BeadArray-specific方差稳定,标准化和基因注释在调查水平。它还包括处理Illumina公司甲基化芯片的功能,尤其是Illumina公司英飞纳姆甲基化芯片。

作者:杜潘理查德•Bourgon林帮冯,西蒙

维护人员:杜潘< dupan。邮件在gmail.com >, Lei黄< lhuang bsd.uchicago.edu >,帮派冯< g-feng northwestern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“光民”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	2.34.0
Bioconductor自	BioC 2.0 (r - 2.5)(12年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.10),Biobase(> = 2.5.5)
进口	affy(> = 1.23.4),methylumi2.3.2 (> =)GenomicFeatures,GenomicRanges,注释,晶格,mgcv(1.4 > = 0),nleqslv,KernSmooth,preprocessCore,RSQLite,DBI,AnnotationDbi,质量、图形、数据、stats4方法
链接
建议	beadarray,limma,vsn,lumiBarnes,lumiHumanAll.db,lumiHumanIDMapping,genefilter,RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	arrayMvout,eQTL,ffpeExampleData,iCheck,lumiBarnes,lumiHumanIDMapping,lumiMouseIDMapping,lumiRatIDMapping,MAQCsubset,MAQCsubsetILM,mvoutData,西瓜
进口我	anamiR,ffpe,methyAnalysis,MineICA
建议我	beadarray,blima,哈曼,methylumi,tigre
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	lumi_2.34.0.tar.gz
Windows二进制	lumi_2.34.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	lumi_2.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lumi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/光民
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lumi/
包下载报告	下载数据