htseqtools.

DOI：10.18129 / b9.bioc.htseqtools.

此套餐适用于Biocumonds 3.8版;对于稳定的最新版本版本，请参阅htseqtools.。

高吞吐量测序数据的质量控制，可视化和处理

生物导体版本：3.8

我们为高吞吐量排序（芯片-SEQ，RNAseq等）提供高效，易于使用的工具。这些包括MDS图（类似于PCA），检测低效免疫沉淀或过扩增伪影，用于识别和测试具有大累积读取的基因组区域的工具，以及覆盖概况的可视化。

作者：救护主义行星，Camille Stephan-Otto，Oscar Reina，Oscar Flores，David Rossell

维护者：奥斯卡雷纳<奥斯卡尔。在Irbbarcelona.org>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“3.5”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“htseqtools”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“htseqtools”）

PDF.	r script.	htseqtools库手册
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	QualityControl.那测序那软件
版本	1.30.0
在生物导体中以来	BIOC 2.9（R-2.14）（7.5岁）
执照	GPL（> = 2）
依靠	R（> = 2.12.2），方法，生物根系（> = 0.1.0），BioBase.那S4Vectors.那绞喉， 方法，大量的那bsgenome.那Genomeinfodb.（> = 1.1.3），Genomicranges.（> = 1.17.11）
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建议
系统要求
加强	并行，多夜
URL.
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链接给我
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包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	htseqtools_1.30.0.tar.gz.
Windows二进制文件	htseqtools_1.30.0.0.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	htseqtools_1.30.0.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/htseqtools.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ htseqtools
包短网址	http://biocidodder.org/packages/htseqtools/
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