hiAnnotator

DOI:10.18129 / B9.bioc.hiAnnotator

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅hiAnnotator。

函数注释农庄组织对象

Bioconductor版本:3.8

hiAnnotator包含组函数允许用户注释农庄组织与自定义对象的注释。这个包的基本哲学是两个农庄对象(查询&主题)与普通组seqnames(即染色体)并返回相关的注释/ seqnames和行从查询匹配seqnames和行(即基因或cpg岛)。包有三种类型的注释函数计算如果位置查询的方法是:在一个特性,特性,附近或统计特性在定义窗口大小。此外,每个函数配备并行端使用foreach包。此外,包配有包装器函数,发现适当的列需要一个农庄对象从一个公共的数据帧。

作者:Nirav V Malani < malnirav gmail.com >

维护人员:Nirav V Malani < malnirav gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“hiAnnotator”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“hiAnnotator”)

HTML	R脚本	使用hiAnnotator
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文本		新闻

细节

biocViews	注释,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	GenomicRangesR (> = 2.10)
进口	foreach,迭代器,rtracklayer,dplyr,BSgenome,ggplot2,尺度、方法
链接
建议	knitr,doParallel,testthat,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	hiReadsProcessor
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	hiAnnotator_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	hiAnnotator_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	hiAnnotator_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiAnnotator
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ hiAnnotator
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hiAnnotator/
包下载报告	下载数据