groHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.groHMM

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见groHMM．

GRO-seq分析管道

Bioconductor版本:3.8

用于GRO-seq数据分析的管道。

作者:Charles G. Danko, Minho Chae, Andre Martins, W. Lee Kraus

维护者:Anusha Nagari < Anusha。nagari at ut西南。edu>， Tulip Nandu <郁金香。nandu at utsouthwestern.edu>， W. Lee Kraus < Lee . Kraus at utsouthwestern.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("groHMM")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“groHMM”)

PDF	R脚本	groHMM教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	测序，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor公司	BioC 3.0 (R-3.1)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.0.2)，质量平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb，GenomicRanges(> = 1.31.8),GenomicAlignments(> = 1.15.6),rtracklayer(> = 1.39.7)
进口
链接
建议	BiocStyle，GenomicFeatures，刨边机，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Kraus-Lab/groHMM
BugReports	https://github.com/Kraus-Lab/groHMM/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	groHMM_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	groHMM_1.16.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	groHMM_1.16.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/groHMM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/groHMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/groHMM/
软件包下载报告	下载数据