gmapR

DOI:10.18129 / B9.bioc.gmapR

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gmapR。

R接口GMAP / GSNAP GSTRUCT套件

Bioconductor版本:3.8

GSNAP和GMAP一双工具使短内容数据由吴汤姆写的。这个包提供了方便的方法来从内部与GMAP和GSNAP r .此外,它提供了方法来记录校准结果per-nucleotide基础上使用bam_tally工具。

作者:科里巴尔,托马斯,迈克尔·劳伦斯

维护人员:迈克尔·劳伦斯<劳伦斯。迈克尔在gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gmapR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gmapR”)

PDF	R脚本	gmapR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,软件
版本	1.24.2
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.15.0)、方法GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Rsamtools(> = 1.31.2)
进口	S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),BiocGenerics(> = 0.25.1),rtracklayer(> = 1.39.7),GenomicFeatures(> = 1.31.3),Biostrings,VariantAnnotation(> = 1.25.11)、工具Biobase,BSgenome,GenomicAlignments(> = 1.15.6),BiocParallel
链接
建议	RUnit,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,LungCancerLines
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	HTSeqGenie
进口我	MTseeker
建议我	MTseekerData,VariantTools,VariantToolsData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gmapR_1.24.2.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	gmapR_1.24.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gmapR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gmapR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gmapR/
包下载报告	下载数据