geecc

DOI:10.18129 / B9.bioc.geecc

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅geecc。

基因集富集分析扩展到应急数据集

Bioconductor版本:3.8

使用对数线性模型来执行超几何和卡方测试基因设置充实两个(基于列联表)或三个类别(应急数据集)。类别可以差异表达基因,条款,序列长度,GC含量,染色体的位置,phylostrata, divergence-strata, ....

作者:马库斯Boenn

维护人员:马库斯Boenn <马库斯。在ufz.de boenn >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“geecc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	geecc用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,RNASeq,软件,StatisticalMethod,转录,WorkflowStep
版本	1.16.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.3.0)方法
进口	质量,hypergea(1.3.0 > =版本),gplots,Rcpp(> = 0.11.3)、图形、统计,跑龙套
链接	Rcpp
建议	hgu133plus2.db,GO.db,AnnotationDbi
SystemRequirements	Rcpp
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	geecc_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	geecc_1.16.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	geecc_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geecc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ geecc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geecc/
包下载报告	下载数据