该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅GCAPC。
生物导体版本:3.8
在测序读取中考虑了潜在的GC偏置,峰值要求芯片序列数据。首先,使用有效的GC策略估算GC偏置,然后使用一般的线性混合模型估算,然后应用于峰值显着性估计。
作者:Mingxiang Teng和Rafael A. Irizarry
维护者:mingxiang teng
引用(从r内,输入引用(“ GCAPC”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ gcapc”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ GCAPC”)
html | R脚本 | GCAPC用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 批处理效应,,,,chipseq,,,,峰值探测,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.6.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.5(R-3.4)(2年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | R(> = 3.4) |
进口 | 生物基因,,,,GenomeInfodB,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,基因组机,,,,rsamtools,,,,基因组签名,,,,矩阵,,,,大量的,花键,grdevices,图形,统计,方法 |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/tengmx/gcapc |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | gcapc_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | gcapc_1.6.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | gcapc_1.6.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/gcapc |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/ |
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