facopy

DOI:10.18129 / B9.bioc.facopy

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是Bioconductor的3.8版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅facopy。

基于功能的协会和拷贝数改变分析癌的基因片段的浓缩

Bioconductor版本:3.8

facopy R包调整癌症CNA协会建模。协会是直接测量感兴趣的基因特性,在基因的情况下,下游的基因簇浓缩分析可以执行由于小说内部处理的数据。软件打开的方式系统地审视在tumoral CNA分布表型的差异,比如那些与肿瘤类型,位置和进展。目前,从11个不同的输出格式的方法分析数据从全基因组外显子组测序和SNP芯片,支持。多个基因组,也支持变更类型和变量类型。

作者:大卫Mosen-Ansorena

维护人员:大卫Mosen-Ansorena < dmosen。gn在cicbiogune.es >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“facopy”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation,GeneSetEnrichment,遗传学,GenomicVariation,微阵列,测序,软件,可视化
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	4.0 CC通过数控
取决于	R(> = 3.0),方法,cgdsr(> = 1.1.30),硬币(> = 1.0),ggplot2,gridExtra,facopy.annot、网格
进口	注释,data.table,剂量,FactoMineR,GO.db,GOstats,石墨,igraph,S4Vectors,IRanges,质量,nnet,reshape2,Rgraphviz,尺度
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包档案

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源包
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/facopy
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ facopy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/facopy/
包下载报告	下载数据