exomeCopy

DOI:10.18129 / B9.bioc.exomeCopy

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅exomeCopy。

拷贝数变异检测从外显子组测序深度阅读

Bioconductor版本:3.8

检测拷贝数变异(CNV)外显子组测序样本,包括未配对样本。包实现了隐马尔科夫模型,使用位置,如背景阅读深度和GC-content,同时不断复制的规范化和样本分割成区域计数。

作者:迈克尔的爱

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“exomeCopy”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“exomeCopy”)

PDF	R脚本	外显子组测序数据中拷贝数变异检测
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,遗传学,测序,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(7.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	IRanges(> = 2.5.27),GenomicRanges(> = 1.23.16),Rsamtools
进口	stats4、方法GenomeInfoDb
链接
建议	Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	cn.mops,CNVPanelizer,contiBAIT,Rariant,SomaticCancerAlterations
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	exomeCopy_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	exomeCopy_1.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	exomeCopy_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomeCopy
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ exomeCopy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/exomeCopy/
包下载报告	下载数据