esATAC

DOI:10.18129 / B9.bioc.esATAC

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见esATAC

易于使用的ATACseq数据分析系统管道

Bioconductor版本:3.8

该软件包为ATAC-seq Reads的量化和分析提供了一个框架和完整的预设管道。它涵盖了原始测序读取预处理(FASTQ文件),读取对齐(Rbowtie2),对齐读取文件操作(SAM, BAM和BED文件),峰值调用(F-seq),基因组注释(Motif, GO, SNP分析)和质量控制报告。包通过数据流图进行管理。用户很容易在流程之间无缝传递变量,并理解工作流程。用户可以通过端到端的预设管道处理FASTQ文件,生成漂亮的HTML报告进行质量控制和初步统计结果,也可以使用esATAC功能轻松灵活地从任何中间阶段开始定制工作流。

作者:郑伟,张伟

维护者:郑伟< wzwezheng at qq.com>

引文(从R内,输入引用(“esATAC”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("esATAC")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“esATAC”)

超文本标记语言 R脚本 esATAC简介
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ATACSeq对齐报道DNASeqDNaseSeqImmunoOncology预处理质量控制测序软件
版本 1.4.5
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(1.5年)
许可证 GPL-3 |文件LICENSE
取决于 R (>= 3.5),RsamtoolsGenomicRangesShortRead
进口 Rcpp(>= 0.12.11),方法knitrRbowtie2rtracklayerggplot2BiostringsChIPseekerclusterProfilerigraphrJavamagrittr消化BSgenomeAnnotationDbiGenomicFeaturesR.utilsGenomeInfoDbBiocGenericsS4VectorsIRangesrmarkdown、工具、维恩图、网格JASPAR2016TFBSTools, grDevices,图形,统计,utils,并行,corrplotBiocManagermotifmatchr
链接 Rcpp
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneorg.Hs.eg.dbDiagrammeRsvgtestthatwebshot
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL https://github.com/wzthu/esATAC
BugReports https://github.com/wzthu/esATAC/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 esATAC_1.4.5.tar.gz
Windows二进制 esATAC_1.4.5.zip(64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) esATAC_1.4.5.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/esATAC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/esATAC
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/esATAC/
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