easyRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.easyRNASeq

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见easyRNASeq．

RNA-Seq数据计数汇总和归一化

Bioconductor版本:3.8

针对参考基因组计算高通量短读的覆盖范围，并根据感兴趣的特征(例如外显子，基因，转录本)进行汇总。数据可以规范化为“RPKM”或“DESeq”或“edgeR”包。

作者:Nicolas Delhomme, Ismael Padioleau, Bastian Schiffthaler, Niklas Maehler

维护者:Nicolas Delhomme < Nicolas . Delhomme at umu.se>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“easyRNASeq”)

超文本标记语言	R脚本	geneNetworkR
PDF	R脚本	R / Bioconductor用于高通量序列分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，遗传学，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，软件
版本	2.18.4
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase(> = 2.39.1),BiocGenerics(> = 0.25.1),BiocParallel(> = 1.13.1),biomaRt(> = 2.35.8),Biostrings(> = 2.47.6),DESeq(> = 1.31.0),刨边机(> = 3.21.6),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),genomeIntervals(> = 1.35.1),GenomicAlignments(> = 1.15.6),GenomicRanges(> = 1.31.8),SummarizedExperiment(>= 1.9.9)，图形，IRanges(> = 2.13.13),迷幻药(> = 3.0),locfit，方法，并行，Rsamtools(> = 1.31.2),S4Vectors(> = 0.17.25),ShortRead(>= 1.37.1)， utils
链接
建议	BiocStyle(> = 2.7.8),BSgenome(> = 1.39.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度，knitr，rmarkdown，RUnit(> = 0.4.31)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	msgbsR
建议我	SeqGSEA
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	easyRNASeq_2.18.4.tar.gz
Windows二进制	easyRNASeq_2.18.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	easyRNASeq_2.18.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/easyRNASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
软件包下载报告	下载数据