derfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.derfinder

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见derfinder．

通过DER Finder方法在碱基对分辨率下对RNA-seq数据进行注释不可知的差异表达分析

Bioconductor版本:3.8

该包提供了对RNA-seq数据进行注释不可知差异表达分析的功能。DER Finder方法的两个实现包含在这个包中:(1)单个基本级别的f统计数据和(2)表达区域级别的DER标识。DER Finder方法也可用于识别差异边界ChIP-seq峰值。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]， Alyssa C. Frazee [ctb]， Andrew E. Jaffe [aut]， Jeffrey T. Leek [aut, ths]

维护者:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("derfinder")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“derfinder”)

超文本标记语言	R脚本	Derfinder快速启动指南
超文本标记语言	R脚本	Derfinder用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialExpression，DifferentialPeakCalling，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.16.1
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.2)
进口	BiocGenerics(> = 0.25.1),AnnotationDbi(> = 1.27.9),BiocParallel(> = 1.15.15),bumphunter(> = 1.9.2),derfinderHelper(> = 1.1.0版),GenomeInfoDb(> = 1.3.3),GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicRanges(> = 1.17.40),Hmisc，IRanges(>= 2.3.23)，qvalue(> = 1.99.0),Rsamtools(> = 1.25.0),rtracklayer，S4Vectors(> = 0.9.38)
链接
建议	BiocStyle(> = 2.5.19),biovizBase，sessioninfo，derfinderData(> = 0.99.0),derfinderPlot，DESeq2，ggplot2，knitcitations(> = 1.0.1),knitr(> = 1.6),limma，RefManageR，rmarkdown(> = 0.3.3),testthat，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lcolladotor/derfinder
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/derfinder/
全靠我
进口我	derfinderPlot，重新计票，recountWorkflow，regionReport
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	derfinder_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	derfinder_1.16.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	derfinder_1.16.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/derfinder
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/derfinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder/
软件包下载报告	下载数据