cytofkit

DOI:10.18129 / B9.bioc.cytofkit

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是Bioconductor的3.8版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅cytofkit。

cytofkit:一个集成的质量血细胞计数数据分析管道

Bioconductor版本:3.8

一个集成质量血细胞计数数据分析管道,使同时说明细胞多样性和发展。

作者:Jinmiao陈,陈郝,马修敏

维修工:陈Jinmiao < Chen_Jinmiao immunol.a-star.edu.sg >,马修敏< a0124008 u.nus.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cytofkit”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,CellBiology,聚类,DimensionReduction,FlowCytometry,GUI,软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0),ggplot2,plyr
进口	tcltk grDevices,图形,跑龙套,统计数据,Rtsne,e1071,flowCore,gplots,colourpicker,VGAM,reshape2,ggrepel,闪亮的,shinyFiles,素食主义者,Biobase,doParallel平行,pdist、方法、命运,FlowSOM(> = 1.4.0),igraph(> = 1.1.2),RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0)
链接	Rcpp
建议	knitr,RUnit,testthat,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/JinmiaoChenLab/cytofkit
BugReports	https://github.com/JinmiaoChenLab/cytofkit/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytofkit
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cytofkit
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cytofkit/
包下载报告	下载数据