customProDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.customProDB

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅customProDB。

从门店数据生成定制的蛋白质数据库,重点RNA-Seq数据,为蛋白质组学搜索

Bioconductor版本:3.8

数据库搜索是最广泛使用的方法大规模spectrometry-based肽和蛋白质鉴定的蛋白质组学研究。我们之前的研究表明,sample-specific蛋白质数据库来源于RNA-Seq数据可以更好的近似真实的蛋白质样品池,从而提高蛋白质的鉴定。单核苷酸的变化,更重要的是,短暂的插入和删除,小说从RNA-Seq数据连接识别蛋白质数据库更加完整和sample-specific。在这里,我们报告一个R包customProDB,使简单的蛋白质组学从RNA-Seq代定制数据库数据搜索。这项工作的桥梁基因组学和蛋白质组学研究和促进cross-omics数据集成。

作者:小菁王

维护人员:小菁王< xwang。研究在gmail.com > Bo温< wenbostar gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“customProDB”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	介绍customProDB
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文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,FunctionalGenomics,ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,RNASeq,单核苷酸多态性,测序,软件,转录
版本	1.22.1
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.0.1),IRanges,AnnotationDbi,biomaRt(> = 2.17.1)
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),DBI,GenomeInfoDb,GenomicRanges,Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicAlignments,Biostrings(> = 2.26.3之前),GenomicFeatures(> = 1.32.0),stringr,RCurl,plyr,VariantAnnotation(> = 1.13.44),rtracklayer,RSQLite,AhoCorasickTrie、方法
链接
建议	RMariaDB,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	PGA
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	customProDB_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	customProDB_1.22.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	customProDB_1.22.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/customProDB
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ customProDB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/customProDB/
包下载报告	下载数据