csaw

DOI:10.18129 / B9.bioc.csaw

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅csaw。

与Windows ChIP-Seq分析

Bioconductor版本:3.8

检测不同绑定地区ChIP-seq数据与滑动窗口,归一化方法和适当的罗斯福控制。

作者:亚伦Lun (aut (cre)戈登·史密斯(aut)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“csaw”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“csaw”)

PDF		csaw装饰图案
PDF		csawUserGuide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,ChIPSeq,报道,DifferentialPeakCalling,遗传学,MultipleComparison,归一化,测序,软件
版本	1.16.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges,SummarizedExperiment,BiocParallel
进口	Rcpp,BiocGenerics,Rsamtools,刨边机,limma,GenomicFeatures,AnnotationDbi、方法、S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,统计数据
链接	Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc,Rcpp
建议	org.Mm.eg.db,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,testthat
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我	chipseqDB
进口我	diffHic,icetea,NADfinder,火神
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	csaw_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	csaw_1.16.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	csaw_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ csaw
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/csaw/
包下载报告	下载数据