copynumber

DOI:10.18129 / B9.bioc.copynumber

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见copynumber。

用惩罚最小二乘回归分割单航迹和多航迹拷贝数数据。

Bioconductor版本:3.8

采用惩罚最小二乘回归对拷贝数数据进行分段常数曲线拟合，以定位拷贝数恒定的基因组区域。程序可用于每个样本的单独分割，多个样本的联合分割和snp阵列的两个数据轨道的联合分割。有几个绘图函数可用于数据和分割结果的可视化。

作者:Gro Nilsen, Knut Liestoel和Ole Christian Lingjaerde。

维护者:Gro Nilsen

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("copynumber")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“copynumber”)

PDF	R脚本	copynumber.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，遗传学，单核苷酸多态性，软件，可视化，aCGH
版本	1.22.0
在Bioconductor公司	BioC 2.12 (R-3.0)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，BiocGenerics
进口	S4Vectors，IRanges，GenomicRanges
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	copynumber_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	copynumber_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	copynumber_1.22.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/copynumber
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/copynumber
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/copynumber/
软件包下载报告	下载数据