contiBAIT

DOI:10.18129 / B9.bioc.contiBAIT

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅contiBAIT。

提高早期使用Strand-Seq数据构建基因组装配

Bioconductor版本:3.8

使用链继承数据从多个单个细胞的生物基因组组装,contiBAIT一起尚留有未架起桥梁集群重叠群成公认的染色体,和秩序的重叠群在这些染色体。

作者:基兰奥尼尔,马克山,迈克戈特利布

维护人员:基兰奥尼尔< koneill在bccrc.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“contiBAIT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“contiBAIT”)

PDF	R脚本	flowBi
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays,遗传学,GenomeAssembly,ImmunoOncology,质量控制,软件,WholeGenome
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(3年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可
取决于	黑洞(> = 1.51.0-3),Rsamtools(> = 1.21)
进口	data.tablegrDevices,线索,集群,gplots,IRanges,GenomicRanges,S4Vectors,Rcpp,茶匙,GenomicFiles,gtools,rtracklayer,BiocParallel,DNAcopy,色彩,reshape2,ggplot2、方法、exomeCopy,GenomicAlignments,图
链接	Rcpp,黑洞
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	contiBAIT_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	contiBAIT_1.10.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	contiBAIT_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/contiBAIT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ contiBAIT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/contiBAIT/
包下载报告	下载数据