cogena

DOI:10.18129 / B9.bioc.cogena

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cogena

中的基因片段的富集分析

Bioconductor版本:3.8

cogena的工作流中的基因片段的富集分析。它旨在发现规模较小,但是高度相关的细胞事件,也可能有重大的生物相关性。一种新型管道重新定位药物药物发现和提出了基于cogena工作流。特别是,候选药物可以预测基于疾病相关的基因表达数据,或其他类似的药物可以识别基于与毒品有关的基因表达数据。此外,药物作用方式可以披露相关的路径分析。总之,cogena是一个灵活的工作流为各种基因集富集分析中的基因,关注通路/去分析和药物重新定位。

作者:Zhilong贾(aut (cre),迈克尔·巴恩斯(aut)

维护人员:Zhilong贾< zhilongjia gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“cogena”)):

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cogena”)

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细节

biocViews 聚类,DataImport,DataRepresentation,,GeneExpression,GeneSetEnrichment,KEGG,微阵列,通路,测序,软件,SystemsBiology,可视化
版本 1.16.0
Bioconductor自 BioC 3.1 (r - 3.2)(4年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (> = 3.4),集群,ggplot2,kohonen
进口 方法,,gplots,mclust,北极监测和评估方案,apcluster,foreach平行,doParallel,fastcluster,corrplot,biwt,Biobase,reshape2,dplyr,devtools
链接
建议 knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/zhilongjia/cogena
BugReports https://github.com/zhilongjia/cogena/issues
取决于我
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包档案

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源包 cogena_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 cogena_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) cogena_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogena
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cogena
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/cogena/
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