这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cogena。
Bioconductor版本:3.8
cogena的工作流中的基因片段的富集分析。它旨在发现规模较小,但是高度相关的细胞事件,也可能有重大的生物相关性。一种新型管道重新定位药物药物发现和提出了基于cogena工作流。特别是,候选药物可以预测基于疾病相关的基因表达数据,或其他类似的药物可以识别基于与毒品有关的基因表达数据。此外,药物作用方式可以披露相关的路径分析。总之,cogena是一个灵活的工作流为各种基因集富集分析中的基因,关注通路/去分析和药物重新定位。
作者:Zhilong贾(aut (cre),迈克尔·巴恩斯(aut)
维护人员:Zhilong贾< zhilongjia gmail.com >
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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cogena”)
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R脚本 | cogena教程 | |
HTML | R脚本 | cogena教程 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 聚类,DataImport,DataRepresentation,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,KEGG,微阵列,通路,测序,软件,SystemsBiology,可视化 |
版本 | 1.16.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(4年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R (> = 3.4),集群,ggplot2,kohonen |
进口 | 方法,类,gplots,mclust,北极监测和评估方案,apcluster,foreach平行,doParallel,fastcluster,corrplot,biwt,Biobase,reshape2,dplyr,devtools |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/zhilongjia/cogena |
BugReports | https://github.com/zhilongjia/cogena/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | cogena_1.16.0.tar.gz |
Windows二进制 | cogena_1.16.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | cogena_1.16.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogena |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cogena |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/cogena/ |
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