coexnet

doi:10.18129/b9.bioc.coexnet

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅coexnet

Coexnet:从微阵列数据构建共表达网络的R软件包

生物导体版本:3.8

从GEO数据集(.cel Files)作为AffyBatch对象提取基因表达矩阵。另外,可以使用两种不同的方法(VSN和RMA)进行归一化过程。摘要(从多探针到一个基因传递)使用两个不同的标准(样品表达数据的最大值和中位数)和基因的过程使用两种方法(SAM和ACDE)差异表达分析。可以使用两种不同的方法(Pearson相关系数(PCC)或共同信息(MI)构建共表达网络的构建,并使用图理论方法选择阈值。

作者:Juan David Henao [AUT,CRE],Liliana Lopez-Kleine [AUT],Andres Pinzon-Velasco [AUT]

维护者:Juan David Henao

引用(从r内,输入引用(“ coexnet”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ coexnet”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ coexnet”)

PDF R脚本 标题
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,基因表达,,,,GraphandNetwork,,,,微阵列,,,,网络,,,,网络引导,,,,正常化,,,,软件,,,,系统生物学
版本 1.4.0
在生物导体中 Bioc 3.6(R-3.4)(1。5年)
执照 LGPL
要看 R(> = 3.4)
进口 副词,,,,siggenes,,,,地球,,,,VSN,,,,Igraph,,,,ACDE,,,,生物酶,,,,林玛,图形,统计,utils,StringDB,,,,总结性特征,,,,模丝,,,,rmarkDown
链接
建议 运行,,,,生物基因,,,,尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 coexnet_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 coexnet_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) coexnet_1.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coexnet
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/coexnet
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/coexnet/
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