coexnet
doi：10.18129/b9.bioc.coexnet
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅coexnet。
Coexnet：从微阵列数据构建共表达网络的R软件包
生物导体版本：3.8
从GEO数据集（.cel Files）作为AffyBatch对象提取基因表达矩阵。另外，可以使用两种不同的方法（VSN和RMA）进行归一化过程。摘要（从多探针到一个基因传递）使用两个不同的标准（样品表达数据的最大值和中位数）和基因的过程使用两种方法（SAM和ACDE）差异表达分析。可以使用两种不同的方法（Pearson相关系数（PCC）或共同信息（MI）构建共表达网络的构建，并使用图理论方法选择阈值。
作者：Juan David Henao [AUT，CRE]，Liliana Lopez-Kleine [AUT]，Andres Pinzon-Velasco [AUT]
维护者：Juan David Henao
引用（从r内，输入引用（“ coexnet”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ coexnet”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ coexnet”）
| R脚本 | 标题 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 差异性，，，，基因表达，，，，GraphandNetwork，，，，微阵列，，，，网络，，，，网络引导，，，，正常化，，，，软件，，，，系统生物学 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.6（R-3.4）（1。5年） |
| 执照 | LGPL |
| 要看 | R（> = 3.4） |
| 进口 | 副词，，，，siggenes，，，，地球，，，，VSN，，，，Igraph，，，，ACDE，，，，生物酶，，，，林玛，图形，统计，utils，StringDB，，，，总结性特征，，，，模丝，，，，rmarkDown |
| 链接 | |
| 建议 | 运行，，，，生物基因，，，，尼特 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | coexnet_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | coexnet_1.4.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | coexnet_1.4.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coexnet |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/coexnet |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/coexnet/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
