彗星
DOI:10.18129 / B9.bioc.coMET
这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见彗星．
coMET:区域表观基因组全关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化
Bioconductor版本:3.8
EWAS的可视化结果在基因组区域。除了表型关联p值，coMET还生成共甲基化模式图，并提供一系列注释轨迹。只要数据可以翻译到基因组水平，它可以用于任何物种的其他组级关联扫描。
作者:Tiphaine C. Martin [aut,cre]， Thomas Hardiman [aut]， Idil Yet [aut]，蔡佩倩[aut]， Jordana T. Bell [aut]
维护者:Tiphaine Martin < Tiphaine。马丁在mssm。edu>
引文(从R内，输入引用(“彗星”))：
安装
要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("coMET")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“彗星”)
| R脚本 | coMET用户指南 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | ChIPSeq，DNAMethylation，DNASeq，DifferentialMethylation，ExomeSeq，FunctionalGenomics，遗传学，GenomeWideAssociation，MethylSeq，MethylationArray，微阵列，MotifAnnotation，RNASeq，RiboSeq，测序，软件，可视化 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(4年) |
| 许可证 | GPL (>= 2) |
| 取决于 | R (>= 3.4.0)， grid, utils，biomaRt，Gviz，心理 |
| 进口 | 工具，哈希grDevices,gridExtra，rtracklayer，IRanges，S4Vectors，GenomicRanges统计数据,corrplot |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，RUnit，BiocGenerics |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://epigen.kcl.ac.uk/comet |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | coMET_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | coMET_1.14.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | coMET_1.14.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMET |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/coMET |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/coMET/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
