限幅器

DOI:10.18129 / B9.bioc.clipper

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅限幅器。

基因集拓扑分析利用途径

Bioconductor版本:3.8

实现拓扑组基因分析使用一个两步的实证方法。它利用图像分解理论创建一棵结和重建最相关的信号通路。在第一步加密选择重要途径根据统计检验的手段和浓度矩阵图来源于路径拓扑。然后,它“剪辑”整个通路识别信号路径有最大的协会与特定的表型。

作者:保罗马提尼<保罗。在gmail.com cavei >,Gabriele Sales , Chiara Romualdi

维护人员:保罗马提尼<保罗。在gmail.com cavei >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“快船”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“快船”)

PDF	R脚本	限幅器
PDF		参考手册

细节

biocViews	软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(6年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 2.15.0),矩阵,图
进口	方法,Biobase,Rcpp,igraph,gRbase(> = 1.6.6),qpgraph,KEGGgraph,corpcor,RBGL
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,石墨,所有,hgu95av2.db,质量,BiocStyle
SystemRequirements
增强了	RCy3
URL
取决于我
进口我
建议我	石墨
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	clipper_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	clipper_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	clipper_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clipper
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/限幅器
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clipper/
包下载报告	下载数据