chromVAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromVAR

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chromVAR。

染色质的变化各地区

Bioconductor版本:3.8

决定染色质的变化可访问性跨组注释或峰值。设计主要是为单细胞或稀疏染色质易访问性数据,如从scATAC-seq或稀疏散装ATAC DNAse-seq实验。

作者:艾丽西娅Schep (aut (cre),杰森Buenrostro[所有]迦勒Lareau[所有],斯坦福大学的威廉•格林利(黑色)(cph)

维护人员:艾丽西娅Schep < aschep gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chromVAR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“chromVAR”)

HTML	R脚本	介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneRegulation,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件
版本	1.4.1
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.4)
进口	IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,ggplot2,nabor,BiocParallel,BiocGenerics,Biostrings,TFBSTools,Rsamtools,S4Vectors、方法、Rcpp、网格情节,闪亮的,miniUI统计,跑龙套,图形,DT,Rtsne,矩阵,SummarizedExperiment,RColorBrewer,BSgenome
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	JASPAR2016,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,readr,testthat,knitr,rmarkdown,pheatmap,motifmatchr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	chromVAR_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	chromVAR_1.4.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	chromVAR_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromVAR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chromVAR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromVAR/
包下载报告	下载数据