CellHTS2

doi：10.18129/b9.bioc.cellhts2

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅CellHTS2。

基于细胞的屏幕的分析 - CellHT的修订版

生物导体版本：3.8

该软件包提供了用于分析以微量定板格式执行的高通量测定法（包括但不限于384孔板）的工具。该功能包括数据导入和管理，归一化，质量评估，复制摘要和统计评分。提供了有关数据和分析结果的详细图形概述的网页。在我们的工作中，我们将包装应用于苍蝇和人类细胞的RNAi屏幕，以及酵母库的屏幕。简要介绍，请参阅“ CellHTS2”。

作者：Ligia Bras，Wolfgang Huber ，Michael Boutros ，Gregoire Pau ，florian hahne

维护者：约瑟夫·巴里（Joseph Barry）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cellhts2”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ CellHTS2”）

PDF	R脚本	主要小插图（完整版本）：基于单元的屏幕的端到端分析
PDF	R脚本	主要小插图：基于细胞的屏幕的端到端分析
PDF	R脚本	补充：增强剂 - 抑制器屏幕
PDF	R脚本	补充：多通道测定
PDF		参考手册

细节

生物浏览	蜂窝基，，，，免疫学，，，，预处理，，，，软件，，，，可视化
版本	2.46.1
在生物导体中	Bioc 2.1（R-2.6）（11。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 2.10），rcolorbrewer，，，，生物酶， 方法，GeneFilter，，，，斑点，，，，VSN，，，，HWRITER，，，，Locfit， 网格
进口	普拉达，，，，gseabase，，，，类别，stats4，生物基因
链接
建议	GGPLOT2
系统要求
增强
URL	http://www.dkfz.de/signalinghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我	ImageHts，，，，Starank
进口我	gesper，，，，HTSANALYZER，，，，rnainteract
建议我	生物萨尔，，，，普拉达
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cellhts2_2.46.1.tar.gz
Windows二进制	cellhts2_2.46.1.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	cellhts2_2.46.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellhts2
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cellhts2
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/cellhts2/
软件包下载报告	下载统计