这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见categoryCompare.
Bioconductor版本:3.8
计算两个(或多个)特征(即基因)列表中的每个特征(即基因)中的重要注释(类别),确定注释之间的重叠,并返回关于重要注释的图形和表格数据,以及哪些特征列表组合的注释被发现是显著的。交互式探索可以通过使用RCytoscape(强烈建议使用)来实现。
作者:Robert M. Flight
维护者:Robert M. Flight
引文(从R内,输入引用(“categoryCompare”)
):
要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("categoryCompare")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“categoryCompare”)
超文本标记语言 | R脚本 | categoryCompare:使用基因注释的高通量数据元分析 |
参考手册 |
biocViews | 注释,去,GeneExpression,MultipleComparison,通路,软件 |
版本 | 1.26.0 |
在Bioconductor | BioC 2.10 (R-2.15)(7年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (>= 2.10),Biobase,BiocGenerics(> = 0.13.8) |
进口 | AnnotationDbi,hwriter,GSEABase,类别(> = 2.33.1),GOstats,注释,色彩,图,RCy3(>= 1.99.29),方法,grDevices, utils |
链接 | |
建议 | knitr,GO.db,KEGG.db,雌激素,org.Hs.eg.db,hgu95av2.db,limma,affy,genefilter |
SystemRequirements | 细胞图(>= 3.6.1)(如果用于结果可视化,强烈建议) |
增强了 | |
URL | https://github.com/rmflight/categoryCompare |
BugReports | https://github.com/rmflight/categoryCompare/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | categoryCompare_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | categoryCompare_1.26.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | categoryCompare_1.26.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/categoryCompare |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/categoryCompare |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/categoryCompare/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |